故事的主线围绕主人公李峰，一个忠诚的中国特工。他是一名经验丰富的特工，在完成各种任务的过程中，逐渐对身边的人产生了信任。然而，在一次意外的任务中，李峰遇到了他的老搭档，周莉，一个聪明而果断的特工。周莉此时已经隐退，过上了普通人的生活，但却因为一些不可告人的原因被再次卷入了谍战的漩涡。
影片的开端便是在一个雨夜，李峰接到一个秘密任务，需要追踪一名涉嫌泄密的卧底特工。然而，随着调查的深入，他发现事情远比他想象的要复杂。卧底特工似乎与某个神秘的组织有着千丝万缕的联系，这个组织不仅在国内展开活动，还渗透到了国际间谍界。为了追查真相，李峰必须在上海这座繁华的城市中，与时间赛跑，面对各种挑战。
随着故事的发展，李峰和周莉的关系逐渐复杂化。他们不仅要解决外部的威胁，还要面对内部的信任危机。周莉开始对李峰曖昧不明的忠诚感到怀疑，而李峰也逐渐发现，身边的人并不都是他所相信的“盟友”。两人被迫在信任与怀疑之间徘徊，情感的冲突为他们的职业生涯增加了更多变数。
影片中，上海的夜景成为了一个重要的视觉元素，霓虹灯下的街道、人潮涌动的咖啡馆似乎在无时无刻地监视着他们的动向。导演巧妙地运用光影效果和快速剪辑方式，加深了观众的紧迫感与悬疑感。同时，影片的配乐也富有张力，随时在烘托出情节的紧张氛围。
在一次关键的对峙中，李峰无意中发现了周莉和卧底特工之间的某种联系。随着真相的逐渐浮出水面，周莉被迫揭开她隐退背后的理由。原来，她的隐退不仅关乎个人安危，还有与国际安全的重大关联。她一直在追查一个跨国犯罪组织，而这个组织正是目前事件背后的黑手。
在这个过程中，李峰也开始反思自己对信任的定义，以及在这个复杂的谍战世界中，真正的背叛到底是什么。当最后一层伪装被撕开时，李峰和周莉发现，原本以为的敌人与友并不像他们想象的那么简单。
影片的 climax 部分是李峰与一个高级特工之间的对决，这个敌人具有超强的智慧和战斗能力。他们在一个废弃的大楼中展开了一场紧张刺激的追逐战，刀光剑影交错，李峰与周莉将他们背负的信任与背叛在这一刻达到高潮，情感与理智的对抗使得整场战斗更加引人入胜。
最后，真相大白，背叛与信任的边界在此时显得异常模糊。李峰和周莉虽然在这一场谍战中付出了巨大的代价，但他们最终决定将各自的情感转化为对国家与和平的忠诚。电影在深夜的上海落幕，留下的是无尽的思考与未解的迷局，让观众难以忘怀。
《谍影重重之上海深夜追踪》不仅是一部紧张刺激的谍战电影，更是一部探讨人性与情感的深刻之作。它通过复杂的人物关系和悬疑情节，展现了在危机时刻，人们如何面对内心的背叛与真正的真相。在谍战的迷局中，观众不仅被情节所吸引，更被影片所传达的深层意义所触动。无论是对国家忠诚的坚守，还是对个人情感的珍视，都是在黑暗中追寻光明的勇气与决心。
