在和诅咒邪神的终极大战之后，为了能彻底摧毁恶龙军团，守护世界，超变勇者们一起乘上了企鹅战舰抵达一个崭新的城市——新思城。雷奥博士在新思城建造了秘密基地，由瑶瑶操作着中央控制中心，对世界各个角落进行实时监控，一旦发生恶龙军团引发的突发事件就会发出警报，派遣超变勇者出动执行任务。雷奥博士在秘密基地中研制出可以更大地提升超变战神力量的战甲，可以作为大家出动执行任务的座驾，同时可以和超变战神进行完美的合体，使超变战神升级为更强大的形态。于是超变勇者和老师们在秘密基地安顿下来，不断训练学习，同时肩负起守护新思城的任务。新的恶龙军团首领乌塔将手下的恶龙将幻化成普通人类的模样，无声无息地潜入城市当中，不断制造混乱。同时乌塔也在筹划新的黑暗的计划，企图制造一个具有强大破坏力量的秘密武器，究竟超变勇者是否能阻止城市各个角落的动乱，破坏恶龙军团争霸世界的计划呢？