未来世界，富有的人们把灵魂注入机械身体，成为机械化的人类，从而获得永恒的生命。另一方面，穷人们因无法得到机械身体而面临死亡的恐怖，更被机械化人类所迫害。在这样的等级分明的社会中，贫家少年铁郎的母亲被机械伯爵所杀，他得知有一个星球可以免费得到机械身体，于是，便和神秘美女梅蒂尔一起乘坐银河铁道999号列车开始了追寻之旅