悪の超能力者ヨミの陰謀を、最新科学装備のバビルの塔（本作品におけるバベルの塔）に住む超能力者バビル2世が三つのしもべを使って粉砕することは原作と同じ。これに加えてアニメ独自の事件が起きる。 　　原作との最大の違いは、主人公・浩一がバビル2世となったため、幼少時から10年間育ててもらった叔父母の古見一家と心ならずも別れたという設定である。浩一にほのかな恋心を抱く浩一の従姉妹（古見夫妻の娘）由美子が浩一を探すのだが、毎回、現場にたどり着く直前に、浩一は次の戦いに備えてその地を去る為に逢えない、というすれ違い描写が物語を盛り上げた。 　　第27話以降は舞台とサブキャラクターを一新。バビル2世は北海道のワタリ牧場の居候として平和な生活を営みながら、復活したヨミと戦うという展開となる。