『巨人の星』『いなかっぺ大将』で有名な川崎のぼるの漫画が原作のスパイアクションアニメ。平凡な青年・隼太郎は、機密マイクロフィルムを狙う死の商人ゴーストの暗躍に巻き込まれ、母と妹を失う。彼は世界の悪と戦う日本国際秘密警察スカイヤーズに参加を志願し、Ｓ５号のコードネームでゴースト打倒を誓う。Ｓ１号ことキャプテンやＳ３号ユリなど４人の仲間そして愛犬ピーターと共に科学装備で悪に挑むＳ５。彼の戦いの行方は？