怪獣や宇宙人が現れてもフレアレディが倒してくれる。そんな隊員の気を引き締めるために長官は、格闘技に長けた北海麗子隊員と、武器開発の水沢まり隊員を招集する。それとほぼ同じ時期に現れた怪獣スキュラス。防衛軍の皇まどか隊員はフレアレディに変身して戦いを挑むが、必殺のフレアビームも通用せず、エネルギーも吸われて敗北してしまう。力尽きて人間体に戻ったまどかは、スキュラスを操るセイレン星人に囚われて激しい拷問を受けることに。そして北海隊員と水沢隊員こそがセイレン星人だったのだ。水沢隊員の姿に戻ったセイレン星人は長官にまどかがフレアレディだったと告げ、そのエネルギーを奪って、どんな怪獣も倒せる光線銃を作るように進言し、まどかはすべてのエネルギーを奪われてしまうのだった。本性を現していくセイレン星人姉妹から、満身創痍のフレアレディは地球を守ることができるのか。