松平定信（加賀邦男）に命じられて抜け荷疑惑のある九州肥前・不知火藩へ潜入した霧の遁兵衛ら伊賀同心三ノ組の忍者3人が消息を絶つ。遁兵衛の身を案じた秋草は九州へ向かうが、不知火藩では忍者集団・傀儡忍者の頭領・黒風堂幻心（大竹タモツ）が、幕府に敵対心を持つ藩主・不知火雅楽頭（森山周一郎）を操って抜け荷で儲けた資金を元手に大量の武器弾薬を手に入れさせ、武力による幕府転覆を企んでいた。不知火藩へ潜入した秋草は、抜け荷の仕事を手伝わされていた隠れ切支丹たちを助け、黒風堂幻心や傀儡四天王と対決。秋草の命を狙う傀儡忍者、秋草を自身の手で倒すべく九州に乗り込んで黒風堂幻心とも敵対する甲賀の金剛（天津敏）、そして秋草と、三つ巴の戦いが繰り広げられる。