从“最后的忍者”伊贺崎好天（笹野高史 饰）手中接过接力棒的六人忍者战队“手里剑战队忍忍者”，持续与野心勃勃的牙鬼军团展开一轮又一轮的正邪大战。这一次他们好不容易迎来的暑假，本打算快乐无忧地享受难得的假期，谁知却得到了一份不同寻常的暑假作业，那就是保卫鲜为人知的“忍隐城”。 　　此时此刻，忍隐城正遭受武士大将弓张重三（东地宏树 饰）及其率领的妖怪军团的进攻。城主八角辰之助（藤本敏史 饰）虽然设法逃了出来，未曾想竟被弓张施法变成了恐龙的模样。为了将城主变回原来的样子，战队成员们接到了好天所吩咐的第二道暑假作业，那就是为忍隐城找回“爱与和平”。战队成员们携手迎战弓张的妖怪大军，而后者也慢慢露出了其真实目的……