宇宙の様々な惑星で謎の巨大タンクロケットによる自然の資源が盗まれる事件が勃発。地球ではユウナとブーグーがその事件に巻き込まれ、行方不明になる。そんなユウナを捜すスティッチたちの前に、銀河連邦の女性型情報解析ロボット“ティーラ”が事件の捜査協力を要請するため、宇宙船に乗ってやってきた。スティッチはユウナの捜索を優先するため断るが、ユウナが銀河連邦に保護されていると聞き、一緒に宇宙へ旅立つ。