《非法智慧》讲述的是校园里发生的惊险科幻故事。一年前，女孩儿桑薇发生意外，得到了梦九中学学生陆羽的帮助。一年后，桑薇考入梦九中学，惊讶地发现她心目中的优秀男孩儿陆羽已改名为梅山，与以前判若两人。陆羽的父亲是医学院脑外科专家陆翔风，正值事业辉煌时却死于煤气爆炸。陆羽的伯父也从这座城市消失处无影无踪。与此同时，桑薇身边的不少同学也在发生着奇怪的变化：衣领上出现了“七星瓢虫”的图案：有的人学习成绩突然提高了；有的人在做了一个“怪梦”以后，变得莫名其妙了……