中学校の同級生「瑠璃」を見舞いに行った帰り、主人公、「鷲崎飛翔」は一枚の羽「ゴッドフェザー」に接触。そこにはかつて、人類誕生以前の太古の宇宙で宇宙の運命をかけて争う正義の戦士、ライディーンと邪悪な生命体、超魔との戦い「聖創生大戦」の記憶があった。その結果、ライディーン戦士が勝利し、超魔は次元の彼方へ追放された。しかし、現代、超魔は復活し、地球侵略を開始する。己の運命に戸惑う飛翔であったが、妹たちを守るために戦うことを決意する。