舞台は、かつて高度な文明が栄えていた惑星アクアロイド。アクアロイドが属する星系リドは、イノガニックと呼ばれる謎の無機知性体に支配されており、住民達は片隅で細々と生き延びていた。アクアロイドに住む少年シュルギ・ナムは、ある日、光り輝く剣を手に入れる。ナムと幼なじみのラサ、そしてモンガーは、その日からイノガニックに追われることになる。その剣こそイノガニックを滅ぼすことのできる唯一の武器「聖剣」だったのである。